同じ街にある別々の高校に通う小杉風鈴（こすぎ・ふうりん）と鐘茂千代（かねしげ・ちよ）は全国コスプレ選手権のライバルでとても仲が悪かった。

そんなある日、風鈴は次の大会で千代に勝つために、神社で審査員のハートを掴むカッコイイポーズの研究をしていた。

そこを通りかかった千代は最初は風鈴のセンスの悪いポーズをからかっていたが、あんまりにも風鈴が真剣なのでカッコイイポーズの研究を手伝ってあげることにした。

こうして二人がいろんなポーズをとっていると突然、赤と紫の2つの稲妻が神社の境内の狛犬2頭に直撃した！

その時、狛犬は動きだし、驚く風鈴と千代にこう言った。
「封印を解いてくれてありがとう」と。

二匹の狛犬、マギーとシローの話によると、この神社の神様が悪い奴らによって封印されているらしい。この神社だけでなく、最近は日本全国至る所でその地を守る神様が悪い奴に封印されているのだ。
おかげ様で災害が増えたり、悪霊が蔓延してそれに取り憑かれ、暴れる人が増えたりと治安が悪くなって来ているのだ。

そんな時に風鈴と千代がとったあのポーズは、この神社の神様を封印する際に一緒に封印されてしまったこの狛犬達を封印から解き放つための巫女の踊りそのものだったのだ。

おかげで狛犬はあの世から下界に帰って来ることができたのだ。
そして狛犬は二人に言った。
「神様達を封印から解く手助けをしてくれ」と…。

狛犬達は風鈴と千代に神パワーを授け、スーパー巫女に変身できるようにした。
こうして、二人は「神様お助け隊★スーパー神子ガルズ」となり、各地の神様を解放するため、神様を封印する謎の悪者集団との戦いの日々を送る事となるのだった……！！

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